军人法院起诉离婚有以下程序：如果军人一方同意离婚的，军人一方所在部队领导或政治机关应当进行调解；
调解无效，并符合《婚姻法》规定的离婚条件的，由政治机关出具证明后，方可到法院提出离婚诉讼；军人一方不同意离婚的，政治机关不得出具证明，但经政治机关查实军人一方确有重大过错的除外。
《婚姻法》第三十二条规定， 有以下情形之一，调解无效的，应准予离婚：
（一）重婚或有配偶者与他人同居的；
（二）实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改的；
（四）因感情不和分居满二年的；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。