木结构建筑工程施工合同中的变更条款应当依据以下规定变更：《合同法》第七十七条规定，当事人协商一致，可以变更合同。  
法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。第七十八条规定，当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。