夫妻分居两年，民政局不会自动办理离婚。不论分居多长时间,如果双方都不提出离婚，婚姻不会自动解除的。
《婚姻法》第三十一条：男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。
婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。